Les huit groupes de travail CIPEL se réunissent entre 4 et 6 fois par an. Leurs membres sont des experts et des scientifiques suisses et français et ils effectuent leur mandat à la CIPEL dans le cadre de leur travail. Ce sont principalement des représentants :

 des services concernés dans les cantons de Vaud, Valais et Genève ainsi que de la Confédération du côté suisse ;
 des services concernés en Haute-Savoie et dans l’Ain du côté français, avec de plus l’Agence de l’eau Rhône-Méditerranée et Corse et le Ministère de l’écologie et du développement durable.

Certaines universités et instituts de recherches sont également représentés.

Le groupe Pollutions domestiques fait l’inventaire de l’assainissement (raccordements, réseaux, stations d’épuration) et se charge du suivi du fonctionnement des stations d’épuration (STEP).

Le groupe Pollutions agricoles évalue et suit l’impact de l’agriculture sur la qualité des eaux. Il fait également la promotion de techniques agricoles respectueuses de l’environnement.

Le groupe Pollutions industrielles garde un oeil vigilant sur les activités industrielles dans le bassin versant et fait l’inventaire des sites contaminés et potentiellement dangereux.

Le groupe Renaturation, constitué en 1998, établit un état des milieux aquatiques, développe des recommandations générales en matière de renaturation et fait un travail d’information et de sensibilisation.

Le groupe Micropolluants, constitué en 2004, a pour objectif d’assurer une veille scientifique par rapport aux micropolluants présents dans les écosystèmes aquatiques du bassin lémanique et aux problèmes qu’ils pourraient apporter.

Le groupe Méthodologie met au point des méthodes d’analyse et vérifie la bonne qualité des analyses effectuées.

Le groupe Hydrocarbures assure la collaboration entre les centres d’intervention suisses et français en cas d’accident par les hydrocarbures ou autres substances pouvant altérer les eaux.

Le groupe Relations publiques se charge de développer et mettre en place des moyens d’information et de sensibilisation des divers publics de la CIPEL.