Le lac Léman contient encore trop de phosphore. De plus, la qualité écologique des milieux aquatiques du bassin du Léman n’est pas toujours et partout satisfaisante. Le plan d’action 2001-2010 de la CIPEL intitulé "Pour que vivent le Léman et ses rivières" a pour but d’améliorer la qualité des milieux aquatiques de tout le bassin.

Objectifs principaux :
 Eau de boisson : utiliser l’eau du lac comme eau de boisson après traitement simple.
 Poissons du lac et des rivières : assurer la prédominance des poissons nobles.
 Baignade et loisirs : les pratiquer dans de bonnes conditions.
 Phosphore : abaisser sa concentration dans les eaux du lac.
 Micropolluants : limiter leur présence dans les eaux.
 Rives et rivières : améliorer leurs qualités écologiques.

Moyens d’action :
 Agir à la source
 Agir dans le domaine de l’assainissement
 Agir dans le domaine de l’agriculture
 Agir au niveau des rivières
 Agir pour sensibiliser